盐酸小檗碱片在治疗肠胃炎以及肠道感染方面有很好的作用，但是盐酸小檗碱片同样也有一定的副作用，副作用的轻重程度因人而异。患者在服用盐酸小檗碱片以后会出现轻微的恶心，有时有可能会引发呕吐。对于部分人来说，在服用盐酸小檗碱片以后还会出现皮疹或者身上出现小红点的症状，也有少部分的人在服药以后还会出现身体局部发热的情况。不过大部分的人在停药以后，不良反应就会逐步消失。如果患者的不良反应比较严重，或者患者在停药以后不良反应依旧没有消失，需要及时到医院就医。最好一旦出现药物副作用立即停药，寻求医生的帮助。
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