对于原因不明的肝功能异常，包括慢性肝炎或肝硬化的患者，都可以考虑诊断为自身免疫性肝炎。自身免疫性肝炎的诊断要结合临床症状和患者的体征、实验室检查以及肝组织学等综合进行判断。在排除其他原因，引起来的肝损伤，比如药物性肝炎、病毒性肝炎、非酒精性肝炎等都可以有这方面的考虑。2008年国际社会提出了自身免疫性肝炎简化评分系统，包括肝功转氨酶升高、血清球蛋白或lGg升高。血清的自身抗体包括抗核抗体ANA、抗平滑肌抗体（ASMA）或者抗肝肾微粒体抗体Ⅰ型滴度大于1:80，组织学检查以淋巴细胞、浆细胞浸润为主的截面性肝炎。但对于不典型的患者，可以使用综合评分来进行诊断。
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