艾滋病早期的潜伏期很长一般会达5-10年之久，在此期间患者无明显的不适感觉，但当机体免疫力逐渐下降，到达一定程度时，即可出现艾滋病的发病期，也就是艾滋病期。在这个阶段，人体会出现各种疾病，如不明原因的持续发热、慢性腹泻、体重快速下降，反复发作的口腔念珠菌感染，以及肺孢子虫肺炎、结核、真菌感染、中枢性的疾病。在这个阶段，治疗上难度比较大，除需基础的抗病毒治疗，还需要进行针对性并发症进行治疗，生活质量较低，存活率也一般较低，存活时间较短。
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