大三阳变成小三阳，单纯从乙肝五项上看，是乙肝的E抗体变成阳性，并且乙肝E抗原变成阴性的过程，相应机理主要因为身体正在进行免疫清除。免疫清除指，身体免疫系统开始对感染乙肝病毒的肝细胞进行清除，这些细胞会被破坏，虽然会承受一定的肝功能损害的过程，并且有可能进展到肝纤维化或肝硬化，但这个过程会使乙肝病毒的复制受到一定程度的控制。表现在血液方面是乙肝病毒的DNA含量会下降。当下降到一定程度，大三阳会变成小三阳，变化的过程，会有一个中间阶段，这时乙肝E抗原与E抗体会同时呈阳性。但这种情况并不稳定，过段时间都只剩下乙肝的E抗体阳性，而E抗原会变成阴性，这时完全由大三阳变成小三阳。
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