第一、神经病学异常。
自闭症多伴有智能障碍提示了本病的神经病学基础近30%的患儿在儿童期或青春期会出现一种或更多种类型的癫痫发作，部分发作伴或不伴全身发作为其主要发作类型。
第二、围生期异常
研究发现，在妊娠、分娩和新生儿期的异常和自闭症持续相关，然而这些并发症却无明显统一的特征。
第三、消化系异常
一些消化异常疾病，如胃食管反流、肠消化酶缺乏等，可以部分解释自闭症患儿的易怒、攻击行为或夜间惊醒。
第四、疫苗
最初有证据表明，麻疹、腮腺炎、风疹疫苗的接种增加了自闭症的发病率，但这在随后的研究中未被证实。疫苗中含汞的防腐剂硫柳汞是否会增加自闭症的发病率尚未确定。
第五、遗传因素
自闭症与一些遗传性疾病如结节性硬化、苯酮尿症、脆X 综合征及唐氏综合征有关，这些疾病有明显的自闭症症状。
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