肠内营养并发症最常见的就是恶心、呕吐，有一些营养液，虽然营养成本高，但是因为输注速度过快，乳糖不耐受，再加上营养液脂肪含量高，特别是有的饮食的口感很差，就会引起恶心、呕吐。其次，并发症还有腹泻，因为小肠对脂肪不是很耐受，肠腔内渗透压负荷也很重，还有营养液温度低或者被污染，都会导致腹泻。然后便秘现象，因为病人长期卧床，肠功能蠕动差，即使营养液很丰富，有时还是会出现脱水、粪块堵塞、肠梗阻，导致便秘。其他还有代谢方面的并发症，像水代谢异常、糖代谢异常、电解质紊乱等。
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